Apple Payで買ったSuica定期券は払い戻しできるのか

まず結論から言うと、できます。

そもそも僕のケースが特殊なのかもしれませんが、Suicaで使える定期券というのはJR区間内、もしくはJRから他社線経由でJR降車の場合のみだそうです。それを知らずにアプリ上から定期を購入してしまい、よくわからない路線経由での定期を購入してしまっていました。

間違えたかなと思ってみどりの窓口に行ってみたのですが、払い戻しできないですね、と言われてしまい（後述しますが全くの間違いではなかったのですが）、困ってしまったので他にやり方がないかなと調べてみました。

Wallet内からでは払い戻しはできないので、Suicaアプリをダウンロードする必要があります。

起動すると（初回起動時は会員登録が必要です）既に登録されているSuicaが表示されるので、ページ下部の「チケット購入・Suica管理」ボタン→最下部の「このSuicaを払い戻す」をタップし、その後払い戻し先を入力すれば手続きは完了です。

窓口では払い戻しはできないため、アプリ上から行ってください。
チャージ分は入力した口座に振り込まれますが、２～４週間後になるようです（パンフレットより）
定期券をApple Payでクレジットカードから払っている場合は、定期券の払い戻し先として「Apple Pay」と表記されていますが、これは単にクレジットカード情報がApple側からオープンになっていないため。通常のカードの払い戻しと同じく、締め日にもよりますが一ヶ月後か二ヶ月後くらいには払い戻されるとのこと（カスタマーサポートのお姉さんに聞きました）
再度追加したい場合は、実物のカードを買わなくてもSuicaアプリ上だけで購入できます。その場合Suicaアプリ上からの削除のみではWalletにSuica情報が残っているため、Wallet上からも削除する必要があります。残高残ってるように見えてると思いますが、削除して問題ありません。